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在连续加工加药和非加药饲料的饲料厂中，饲料的抗生素污染是一个潜在的问题。无意中给牛和马喂食抗生素会导致临床疾病，而调查的临床医生可能不会立即发现原因。这可能发生在给牛和马喂药猪饲料时，但也可能发生在常规口粮被抗生素污染时。使用各种类型的饲料混合器以及传送带、料斗和卡车中的残留物，可能会发生药物材料残留到其他饲料中的情况。饲料被污染的风险可能相当高，最常见的污染药物是金霉素、磺胺类药物、青霉素和离子载体。
在饲喂药物饲料后 24 小时内，奶牛出现厌食、瘤胃淤滞，随后排出含有未消化纤维的蛋奶糊状粪便。牛奶产量急剧下降。迟钝，肌肉震颤，酮症，低钙血症和卧也被观察到。受影响的牛在饲喂非药物饲料后通常会恢复，但在剩余的泌乳期可能会对产奶量产生不利影响。被二甲硝唑、林可霉素和泰乐菌素污染的饲料已被定罪，尽管关于泰乐菌素在该综合征中的作用存在争议。该结转药物质导入其它饲料也可以创建违规组织残留在屠宰。猪饲料的磺胺污染是一个特别的问题。
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